《宝可梦传说Z-A》已经确定了野生特区ZA登封战，而最近又有游戏流程的传闻流出。根据电玩迷(dianwanmi.com)编辑了解知名舅舅Ball Guy的爆料，《宝可梦传说Z-A》采用了独立故事线的章节式叙事结构，玩家可以通过推进ZA登封战，来解锁密阿雷市不同区域的不同故事线。
根据Ball Guy的爆料，《宝可梦传说Z-A》目前已知的故事线包括“联盟锦标赛篇”、“黑帮篇”、“侦探推理篇”与“彩蛋支线”。其中“联盟锦标赛篇”灵感来自《宝可梦 X/Y》的“对战屋”，其中包括使用Mega快龙的新角色Jacinthe以及使用Mega老翁龙的随行女仆。在“黑帮篇”玩家将会遭遇使用Mega蜈蚣王的黑帮老大Corriveau，以及使用Mega盔甲鸟的副手Phillipe。在“菜单支线”中，玩家可以看到原本作为《宝可梦 X/Y》反派闪焰队科学家库瑟洛斯奇改行精英快餐车，而弗拉达利可以与基格尔德进行心灵交流，就像剧场版中常用的“心灵感应”。“侦探推理篇”目前没有具体内容。
在《宝可梦：朱/紫》中，剧情采用了“传说之路”、“冠军之路”与“星尘之路”三条分支，虽然没有固定的主线，但是本作丰富的角色塑造一改前作《宝可梦：剑/盾》玩家对剧情单薄的印象。按照爆料的说法，GameFreak似乎在《宝可梦传说Z-A》中也吸收了《宝可梦：朱/紫》的叙事经验。
